GenView3D

Un navegador de genoma para varios organismos al mismo tiempo. Cada uno va en su carril, y los carriles se comparan entre sí.

La comparación cruza experimentos. Un organismo del intestino humano se puede poner al lado de uno que vive en un ambiente extremo, aunque vengan de dos conjuntos distintos.

Sobre el mismo genoma hay dos capas. Lo anotado, que viene de la base de datos. Y lo que se calcula de la secuencia.

Funcionalidades

El carril

• Identidad del organismo, genes de cada hebra en su color, y la regla de coordenadas.
• Desplazamiento y acercamiento, con la rueda o con dos dedos, en todos los carriles a la vez o sólo en el que está bajo el cursor.
• Al acercarse lo suficiente aparecen los nucleótidos uno a uno y los codones tintados por clase de aminoácido.
• Clic derecho sobre un gen abre su ficha.

El aminoácido en 3D

• Parado sobre un codón, encima sale el residuo armado con sus átomos, en bolas y varillas, con su nombre, fórmula, peso y clase.
• Doble clic lo fija en el centro, con el nombre de cada átomo. Se arrastra para girarlo.
• Todos los residuos se ven del mismo tamaño. Pasar de una glicina a un triptófano se lee como un cambio de forma.

Lo que se calcula

• El %GC a lo largo del genoma.
• Los marcos abiertos de lectura en las seis fases, con un largo mínimo a elegir.
• El GC-skew, con el origen de replicación anclado en el gen iniciador. Si no hay ancla, lo dice.
• Los cortes de las enzimas de restricción que se elijan.

Comparar

• El pangenoma. Los genes se agrupan en familias por su símbolo, y los que no tienen símbolo se rescatan por secuencia. Los carriles se pintan por clase de familia.
• El alineamiento entre pares, con su mapa de calor y su gráfica de calidad.

Preparar lecturas crudas

• Un botón toma un FASTQ recién salido del secuenciador y lo pasa por control de calidad y recorte, con las dos lecturas del par juntas.
• Las fases se ven avanzar. Lo limpio queda en su carpeta y termina como un experimento más.
• Los genomas también se bajan del NCBI desde la app, y el carril aparece solo al terminar.

Lo que sale

• Un panel exporta a FASTA o a tabla lo que se está mirando, sea una región, un gen, todos los genes, los cortes, los marcos de lectura, el sesgo o el alineamiento.
• Las fichas del gen, del marco de lectura y del corte se copian al portapapeles, listas para pegar en BLAST o en el cuaderno.

La biología pesada vive en la biblioteca de Punk, en los módulos de secuencias, codones, enzimas de restricción y alineamiento.